元代诗文家。字善之，又字匪石，或说号匪石。祖籍绵州(今属四川)，迁居钱塘(浙江杭州)。宋末参加浙西转运司考试，中四川籍士子的第1名。元至元二十七年(1290)，举为杭州路儒学正。大德二年(1298)，调崇德州教授。大德五年，擢升翰林应奉，大德九年再次升任翰林修撰。至大元年(1308)与修成宗实录，至大三年授江浙儒学提举。皇庆元年(1312)召为国子司业，因与主管的办学方针不一致，便以有病为由而辞职。延祐初恢复科举，邓文元为江浙行省考试官，延祐四年(1317)，入为翰林待制。次年出为江南浙西道廉访司佥事，又任江东道佥事，都以决狱廉明著称。至治二年(1322)任集贤直学士，次年兼国子祭酒。泰定元年(1324)兼任经筵官。此后数次迁升，他都以有病为由辞而不赴。天历元年(1328)去世，享年71岁。谥文肃。著有《内制集》、《素履斋稿》，清初尚存，但到乾隆时修《四库全书》即未见到上述两集。今仅存《巴西集》1卷，收文章70余篇，《元诗选》二集收入邓文原诗110余首，选自《素履斋稿》。

邓文原是元代文坛影响颇大的人物。在大德至延祐年间，独以词林耆宿主持风气，“操觚之士，响附景从，元之文章于是时为极盛，文原实有独导之功。”(《四库全书总目》)他的文章温醇典雅，确实有征；诗尤以简古而丽逸见称。现存诗文多应制、应酬之作，内容比较单调，风格也缺少变化。