南朝齐文学家。字不详。南兰陵(江苏常州)人。少举丹阳郡孝廉，为宋孝武帝所赏识。大明五年(461)敕助徐爰撰国史。宋孝武帝死，为江夏王刘义恭掌书记。宋明帝即位，使参诏诰，引在左右。宋后废帝时，帮助萧道成平定桂阳王，于中书省撰符檄。事平，除奉朝请。自以为当有封赏，既而不获，意甚不平，作书与尚书令袁粲。后历佐诸王府，转羽林监。入齐，建元元年(479)为尚书主客郎，领军司马，越骑校尉。除平昌太守，但他不愿意赴职。齐武帝问，丘巨源说：“古人云‘宁饮建邺水，不食武昌鱼’，臣年已老，宁死于建邺”。便改任余杭令。齐明帝为吴兴太守时，丘巨源作《秋胡诗》，语有讥刺，以事被杀。著有《龟经秘要》2卷，文集10卷，均已亡佚。《玉台新咏》入选《七宝扇》、《听邻妓》诗2首。逯钦立《先秦汉魏晋南北朝诗》亦收之。严可均《全上古三代秦汉三国六朝文》(《全齐文》卷17)辑有其佚文。